Является воспитанником минской «Смены». Первым профессиональным клубом футболиста стал БАТЭ, в основном составе которого он дебютировал в чемпионате 2006 года. После успешного сезона 2007 года Егор переходит в московский «Спартак», за который сыграет 16 матчей в чемпионате России. Однако закрепиться там у защитника не получилось и после аренд в «Томь» и «Сибирь» Егор вернулся в БАТЭ: в 2011 году на правах аренды, а начиная с февраля 2012-го на постоянной основе. Успешная игра за борисовчан поспособствовала переходу Филипенко в испанскую «Малагу». Там защитник провел полтора года, после чего летом 2016 года стал игроком тель-авивского «Маккаби». В 2018 году после аренды в «Ашдод» вновь вернулся в БАТЭ, за который выступал до конца 2020 года.

Достижения:

• Чемпион Беларуси (7): 2006, 2007, 2011, 2012, 2013, 2014, 2018;
• Серебряный призер чемпионата Беларуси (2): 2019, 2020;
• Обладатель Кубка Беларуси: 2019/20;
• Обладатель Суперкубка Беларуси (2): 2011, 2014;
• Серебряный призер чемпионата России: 2009;
• Серебряный призер чемпионата Израиля: 2016/17;
• Бронзовый призер молодежного чемпионата Европы (2011);
• Лучший защитник чемпионата Беларуси (2): 2013, 2014;
• Включен в список «22 лучших футболиста чемпионата Беларуси» (4): 2007, 2013, 2014, 2020.